Председатель Совета по межнациональным отношениям - Президент РФ Владимир Владимирович Путин. Его заместители: Чернышенко Дмитрий Николаевич - Заместитель Председателя Правительства Российской Федерации и Кириенко Сергей Владиленович - первый заместитель Руководителя Администрации Президента Российской Федерации. Ответственный секретарь Совета - Магомедсалам Магомедалиевич Магомедов, заместитель руководителя Администрации президента РФ.
Решением текущих вопросов занимается его президиум, который возглавляет ответственный секретарь Совета.
Президиум состоит из председателей постоянных комиссий и их заместителей. Три сопредседателя президиума, один из которых подлежит ротации через каждые шесть месяцев, утверждаются решением председателя Совета.